1953
Premio Nacional de Historia "Inca Garcilaso" por su libro Pachacútec Ynca Yupanqui. El gobierno desconoce el fallo del jurado académico.
1981
Honorable Mention del premio Howard F. Cline for American History, por el libro Señoríos indígenas de Lima y Canta.
1990
Palmas Magisteriales en el grado de Amauta.
1992
Doctorado Honoris Causa por la Universidad Nacional San Agustín de Arequipa.
1993
Premio "Juan Mejía Baca al autor" por el libro Ensayos de historia andina. Élites, etnias, recursos.
1994
Medalla y diploma de la ciudad de Lima.
1996
Doctorado Honoris Causa por la Pontificia Universidad Católica del Perú.
1996
Doctorado Honoris Causa por la Universidad Femenina del Sagrado Corazón
1996
Profesora Honoraria, Universidad Católica de Santa María, Arequipa.
1996
Premio "Sigillo D'Oro, Centro Internacional de Etnohistoria, Palermo, Italia.
-
1997
Se publica el libro Arqueología, antropología e historia en los Andes. Homenaje a María Rostworowski.
1997
La Biblioteca Nacional del Perú colocó su retrato en la Galería de Intelectuales.
1997
Doctorado Honoris Causa por la Universidad Nacional de Trujillo.
-
2001
Premio Southern Peru 2001 y Medalla José de la Riva-Agüero y Osma a la creatividad humana.
2001
Condecoración Orden El Sol del Perú en el grado de Comendador
2008
Doctorado Honoris Causa por la Universidad Nacional Mayor de San Marcos.
2010
Doctorado Honoris Causa por la Universidad de Varsovia.
1963
Beca de la Wenner Gren Foundation for Anthropological
Research para estudios de quechua en la Universidad de
Cornell.
1972
Bolsa de viaje de la Fundación Ford para participar en el Seminario sobre civilizaciones mesoamericanas y andinas en la Universidad Ibero-Americana, México.
1974
Beca de investigación de la John Simon Guggenheim Memorial Foundation.
1975 – 76
Ayuda de investigación de la Fundación Ford.
1977
Beca de la Fundación Volkswagen para investigar sobre recursos naturales en el Perú prehispánico. Proyecto realizado en colaboración con el Seminario de Arqueología del Instituto Riva-Agüero de la Pontificia Universidad Católica del Perú.
1978
Senior Fellowship de la Fundación Ford para investigar en los archivos españoles y en el British Museum.
1988
Ayuda de investigación de Fomciencias para el proyecto sobre el status de la mujer en tiempos prehispánicos, campesina y migrante actuales.
1989
Ayuda de investigación del Concytec para el proyecto "El dios Pachacamac y el Señor de los Milagros".
1991
Summer Senior Fellowship, Dumbarton Oaks.